El Niño es un fenómeno natural que ha tenido lugar durante siglos. Las condiciones del océano y atmosféricas en el Pacífico tienen tendencia a fluctuar entre El Niño (calentamiento) y una disminución de la temperatura en el Pacífico tropical, conocido como La Niña. Las fluctuaciones son bastante irregulares, pero tienen la tendencia de aparecer entre cada tres a seis años. Una fase más intensa de cada suceso puede durar un año aproximadamente. Es muy posible que un clima más caluroso contribuya al incremento en la frecuencia e intensidad de un fenómeno de El Niño.
Las temperaturas excepcionalmente calurosas en el Pacifico ecuatorial, disminuyen la diferencia normal de la temperatura de la superficie del mar, entre los extremos orientales y occidentales del Pacífico, que afectan los patrones del viento. A la vez, las aguas más templadas se mueven hacia el este a lo largo del ecuador, mientras que los vientos alisios debilitados disminuyen la capacidad que tiene el Pacífico para absorber agua fría y,de esa forma, se consolida la anormalía de las temperaturas. La dirección del viento, las corrientes marítimas y los patrones de tormentas también se ven afectados por ello.
En el ámbito regional, las repercusiones pueden ser importantes. En América Central, El Niño trae lluvias excesivas a lo largo de las costas del Caribe, mientras que las costas del Pacífico se mantendrán secas. Las lluvias aumentan en las costas del Ecuador, al norte del Perú y las zonas del sur de Chile. En Ecuador, Perú y Bolivia, habrá sequías en las zonas montañosas y de los Andes, lo que significa un retiro de los glaciares, con los cambios ulteriores en la disponibilidad de agua y en la biodiversidad local. En Colombia, Venezuela y Guayana, las precipitaciones tendrán tendencia a disminuir, provocando sequías en el noreste brasilero. En Argentina, Paraguay y Uruguay, las lluvias aumentarán y habrá una subida en las temperaturas en la zona sur del Brasil.
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